Sóttvarnalæknir ber ábyrgð á viðbúnaði gegn vá af völdum smitsjúkdóma, eiturefna, geislavirkra efna og óvæntra atburða sem ógna heilsu manna.
Sóttvarnalæknir ber ábyrgð á viðbúnaði vegna heimsfaraldurs og sóttvarna og vinnur náið með almannavarnadeild ríkislögreglustjóra. Viðbragðsáætlun vegna heimsfaraldurs inflúensu var unnin árin 2005 – 2008. Þegar heimsfaraldur inflúensu skall á árið 2009 var unnið markvisst eftir viðbragðsáætluninni með það að markmiði að draga úr alvarlegum afleiðingum á heilsufar og samfélag. Það sama gerðist þegar brugðist var við COVID-19 heimsfaraldrinum árið 2020 – sjá nánar á vefsíðunni covid, sem sérstaklega var sett upp til að bregðast við faraldrinum.
Í eldgosum hefur sóttvarnalæknir varað við áhrifum gosefna í andrúmsloftinu, sem geta haft áhrif á heilsu manna. Nánari upplýsingar má nálgast á vef Landlæknisembættisins.

Embætti landlæknis er ætlað að stuðla að heilbrigði landsmanna, m.a. með því að tryggja gæði heilbrigðisþjónustu og efla lýðheilsustarf í landinu og ber embætti landlæknis ábyrgð á framkvæmd sóttvarna.
Geislavarnir ríkisins annast öryggisráðstafanir gegn geislun frá geislavirkum efnum og geislatækjum. Einnig stunda Geislavarnir rannsóknir á sviði geislavarna, svo og vöktun og rannsóknir á geislavirkum efnum í matvælum og umhverfi Sjá nánar á vefsíðu Geislavarna ríkisins.