Í lögum um almannavarnir nr. 82/2008 er gerð grein fyrir skipulagi almannavarna í landinu.
Stefnumótun til þriggja ára í senn er í höndum almannavarna- og öryggismálaráðs. Í ráðinu sitja sjö ráðherrar ásamt ráðuneytisstjórum og forstjórum lykilstofnana ríkisins í öryggis- og almannavarnamálum, fulltrúum Slysavarnafélagsins Landsbjargar, Rauða krossins á Íslandi, Sambands íslenskra sveitarfélaga og samræmdrar neyðarsvörunar. Einnig er hægt að kalla til fleiri ráðherra ef þörf krefur. Reglugerð nr. 459/2009 segir til um starfshætti almannavarna- og öryggismálaráðs.
Ríkislögreglustjóri annast málefni almannavarna í umboði dómsmálaráðherra, sem er æðsti yfirmaður almannavarna í landinu. Í almannavarnadeild ríkislögreglustjóra fer fram samhæfing og eftirlit á málefnum almannavarna á landsvísu og alþjóðasamstarf.
Við embætti ríkislögreglustjóra er starfrækt Samhæfingarstöð, sem lýtur sérstakri stjórn. Stjórnin tekur ákvarðanir um innra skipulag, rekstur og samstarf viðbragðsaðila í stöðinni og er samhæfing eða framkvæmd aðgerða ekki á verksviði stjórnar. Í áhöfn Samhæfingarstöðvar eru fulltrúar viðbragðsaðila Almannavarna.
Stjórn aðgerða í almannavarnaástandi er í höndum lögreglustjóra í viðkomandi lögregluumdæmi.
Ríkislögreglustjóra er heimilt að stofna tímabundna þjónustumiðstöð, vegna hættu sem er yfirvofandi eða yfirstaðin. Markmiðið er að veita almenningi á skaðasvæði nauðsynlega aðstoð á einum stað s.s. áfallahjálp, upplýsingar og ráðgjöf.
Rannsóknarnefnd almannavarna starfar sjálfstætt og rannsakar viðbrögð viðbragðsaðila að loknu hættuástandi og skilar skýrslu um niðurstöður nefndarinnar til ráðherra, ríkislögreglustjóra og Alþingis. Skýrslum rannsóknarnefndarinnar er ekki hægt að beita sem sönnunargögnum í opinberum málum.